四月 2005 - 文章

又一把“蛋白信息瑞士军刀”

这是EMBL的生物信息学服务:http://harvester.embl.de

它不仅提供关于某个蛋白在多个数据库中的交叉链接,而且提供了条目的全部内容,这样就变的非常方便了!

 功能包括:

Uniprot-SwissProt 非冗余数据库,不用多说 EBI Hinxton
SMART SMART数据库,也不用多说 EMBL Heidelberg
SOURCE 象GeneCard那样的数据库 Stanford
PSORT II 蛋白质定位的预测工具 Japan
CDD NCBI的保守Domain数据库 NCBI
SOSUI  膜蛋白的分类和二级结构预测 Japan
BLINK 预先对NCBI的蛋白数据库进行了BLAST  NCBI
STRING 预测功能上相关的基因或蛋白 EMBL Heidelberg
HomoloGene 检测同源基因 NCBI
ensEMBL 对基因组的自动注解形成的数据库 UK
gfp-cDNA GFP标签的cDNAs在人体中的定位(有照片) EMBL Heidelberg

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何时才能战胜传染病?

进来总是听到关于各种传染病的消息,前一阵刚刚听到关于HIV的基础研究有所进展,昨天在参考消息上就看到新闻说在泰国进行的艾滋病疫苗试验失败,甚至导致数十名(具体的记不清了)健康志愿者感染!而这次试验的是此前认为最有可能成功的疫苗。

另一则消息报道:世界卫生组织估计禽流感可能在人群中爆发,造成7000万人死亡。同时,该组织正在采取措施销毁一种致命的流感病毒样本,这种病毒的样本被无意中发送到全球近4000个实验室,而1968年后出生的人对这种病毒几乎没有免疫力。

晚上又看到一则消息,在印尼又发现又猪感染了禽流感,科学家担心由于猪既会感染鸟类病毒又会感染人类病毒,一旦两种病毒在猪体内发生杂交将会非常危险,虽然目前还没有看到这种情形。

唉,每天看着文献会觉得生物学发展地太快,总担心自己的课题会被别人抢先做出,可是面对这些疑难杂症的时候还是让人忧心重重。希望哪天院里的P3实验室能做出些好东西来。

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脂筏

这个词以前没怎么接触过,也不知道是以前的细胞生物学书上没讲还是自己没看到,这两天看文献才看到,查到一个比较详细的中文资料:

    脂筏lipid raft是质膜上富含胆固醇和鞘磷脂的微结构域(microdomain)。大小约70nm左右,是一种动态结构,位于质膜的外小页。由于鞘磷脂具有较长的饱和脂肪酸链,分子间的作用力较强,所以这些区域结构致密,介于无序液体与液晶之间,称为有序液体(Liquid-ordered)。在低温下这些区域能抵抗非离子去垢剂的抽提,所以又称为抗去垢剂膜(detergent-resistant membranesDRMs)。脂筏就像一个蛋白质停泊的平台,与膜的信号转导、蛋白质分选均有密切的关系。

从脂筏的角度来看,膜蛋白可以分为三类:存在于脂筏中的蛋白质;包括糖磷脂酰肌醇锚定蛋白(GPI anchored protein),某些跨膜蛋白,Hedgehog蛋白,双乙酰化蛋白(doubly acylated protein)如:非受体酪氨酸激酶SrcG蛋白的亚基、血管内皮细胞的一氧化氮合酶(NOS);存在于脂筏之外无序液相的蛋白质;介于两者之间的蛋白质,如某些蛋白在没有接受到配体时,对脂筏的亲和力低,当结合配体,发生寡聚化时就会转移到脂筏中。

脂筏中的胆固醇就像胶水一样,它对具有饱和脂肪酸链的鞘磷脂亲和力很高,而对不饱和脂肪酸链的亲和力低,用甲基-β-环糊精(methyl-β-cyclodextrin)去除胆固醇,抗去垢剂的蛋白就变得易于提取。膜中的鞘磷脂主要位于外小页,而且大部分都参与形成脂筏。

据估计脂筏的面积可能占膜表面积的一半以上。脂筏的大小是可以调节的,小的独立脂筏可能在保持信号蛋白呈关闭状态方面具有重要作用,当必要时,这些小的脂筏聚集成大一个大的平台,在那里信号分子(如受体)将和它们的配件相遇,启动信号传递途径。如致敏原(allergen)能够将过敏患者体内肥大细胞或嗜碱性细胞表面的IgE抗体及其受体桥联起来,形成较大的脂筏,受体被脂筏中的Lyn(一种非受体酪氨酸激酶)磷酸化,启动下游的信号转导,最终引发过敏反应。

细胞表面的穴样内陷(caveolae)具有和脂筏一样的膜脂组成,不含笼形蛋白(clathrin),含有caveolin(一种小分子量的蛋白,21KD)。大量存在于脂肪细胞、上皮细胞和平滑肌细胞。这种结构细胞的内吞有关,另外穴样内陷中还富含某些信号分子,说明它与细胞的信号转导有关。

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贴张照片

很久没更新blog了,真对不起观众,贴张照片吧!是今年春节大雪后在楼上用手机拍的,你能看得出来车行的路线吗?

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HIV即时的猛攻

这是Nature上的一则新闻,在三思科学网站上有完整的翻译,转载如下:

HIV即时的猛攻
病毒在进入人体后,会立即对免疫系统造成严重损害,而非缓慢破坏它


March 29, 2005
  作者 OurSci News Staff   

HIV
HIV侵袭免疫细胞
  〖北京〗两项新研究显示,艾滋病病毒(HIV)进入人体后,会马上毁坏大量脆弱的免疫细胞。这一发现将帮助重新设计战略,以预测病人的发病情况、设计疫苗和药物。

  长期以来医学界都认为,HIV需要几年或更长时间来对机体造成实质损害。形成这一观念的部分原因是有些病人可能十多年都没有任何症状。但研究者开始疑心,病毒可能在进入机体后的最初几天里就造成严重破坏。

  两个研究小组最近研究了HIV袭击机体后立即造成的伤害,以及造成伤害的方式。为此,他们使猴子染上SIV(一种与HIV类似的病毒),观察它们在感染几天内的反应。有关研究发表在《自然》杂志网络版上。

  美国马里兰州国家过敏和传染病研究所的Mario Roederer及其同事说,在染上病毒后几天内,SIV就感染了60%的“记忆CD4+细胞”,进而杀死一半的这种免疫细胞。记忆CD4+细胞的功用是“记住”感染抗原,激发免疫系统攻击这些抗原。

  人们已经怀疑,HIV的攻击比医学界以往认为的要更凶险,上述发现给这一看法提供了新证据。俄勒冈健康与科学大学的HIV专家Louis Picker说,记忆CD4+细胞是“免疫系统的士兵,它们被消灭了。”

  Roederer小组还研究了一个HIV专家们有争议的问题——HIV为何能如此迅速地消灭记忆CD4+细胞。他相信,病毒像蠕虫一样进入细胞并杀死它们。但在另一项研究中,明尼苏达大学的Ashley Haase及其同事说,HIV还会促使许多细胞自杀,而并不侵入它们。


  早期发现

  1998年有一篇论文显示,SIV很快将猴子消化道里的CD4+细胞消灭殆尽。这促使人们开始设想,HIV在感染早期就会造成严重损害。研究者说,医学界大部分人现在才刚刚开始理解这一观念。

  新发现将促使科学家重新考虑HIV感染的过程及治疗方法。例如它显示,病人免疫系统缓慢崩溃、更容易遭受其它病原体感染,这是病毒早期造成的损害所致。Picker说:“病人在感染的头三个月里受到严重伤害,然后为此慢慢死去。”

  如果这是真的,那么HIV在感染某病人之后的头几天里杀死的免疫细胞数量,将可用于预测这名病人发病的进程快慢。

  有关发现还将促使开发和试验HIV疫苗的方式发生改变。它意味着,疫苗必须能在感染的最早期发挥作用,或许是在消化道内起作用,因为消化道免疫细胞受损最严重。Haase说:“必须要能够在入口处发挥作用。”

  新研究结果还支持这样的做法,即对高危人群(如性工作者)服用药物来预防感染,使HIV无立足之地。研究者还可能需要找到新疗法,作为现有抗病毒药物的补充,来使记忆CD4+细胞重生。

  -- Helen Pearson

  References:

  1. Teams expose HIV's first lethal strike,Nature News
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