shininglake的快乐生活

大肠杆菌

今天才发现原来有一个很基本的问题一直搞错了：

一直以为我们常用的克隆表达的菌株都是K12系列，今天才发现原来常用的克隆菌株JM109、DH5α、XL1是K12系列的，而表达菌株BL21是B系列的。查询一下密码子数据库发现两者在密码子使用偏好上略有不同。

不过，K12和B系列是如何划分的还没有看到详细的资料。

搜索这个问题的时候看到这张常用菌株的基因型的表格，顺便贴一下（转自长沙瑞金生物网)

307自动档怎么开?

如何避免审稿人的大斧-----Stephen D. Senturia（转）

编辑注：Stephen D. Senturia从1992年IEEE/ASME J MEMS（2002年影响因子2.8，译者注）创刊以来就一直是该杂志的编委会成员，并在1998年被提名为高级编辑。这些连同他1985年－1995年作为IEEE T Electron Dev（2002年影响因子1.9，译者注）Solid-State Sensors的编辑的经验，作者已经累计具有17年作为IEEE杂志编辑的经验。这些年里，Steve（作者名字的简称，译者注）总结了论文作者们给审稿人带来的大量的问题，因此我们邀请他撰写了下面的这篇“给作者的建议”，告诉大家如何使审稿人满意，并且让他们“没有别的选择”，只能同意论文发表。

一、序言

由于这是我个人的评论，因此在后面的叙述中我将使用第一人称，不过严格一些的作者不会在科技文献中使用第一人称。在我35年研究工作的生涯中，我撰写了很多科技论文，每次当我打开从杂志编辑部寄来的装有我宝贝一样的手稿的信的时候，我总是迫不及待地拆开信封，结果是或者做一些小的修改，或者大幅度重写，甚至是判处死刑----只能把手稿扔进垃圾桶。

现在，我也已经作为编辑和审稿人有17年了，从我审过的无数的论文和与论文数量几乎相等的不幸的作者身上，我感觉到审稿人打击或者拒绝某些论文的根本原因还是这些论文确实存在很多缺点。即使不是绝大多数，也是很多作者都不同意这一点，至少现在。因此，我想如果我能够给出一些实际的建议使他们能够避免审稿人的大斧和致命一击，将会对论文作者们有所帮助。

一篇科技论文的主要目的是与感兴趣的读者交流新的信息，并教给他们一些新的知识。许多作者忘记了这一点；相反，他们把写作过程视为炫耀自己、让读者注目他们的机会，甚至于从某种程度上影响读者，例如给出了太多或者太少的内容和材料。考虑到论文的种类比较多，我这里选择一个实验论文作为假设的例子。这个文章的作者对实验方法进行了一点小改进，然后用这个方法得到了一些新的结果，并把这些结果与同样也只是对已发表的理论模型做了一点小改进而得到的结果进行对比。（呵呵，很精辟的例子，已经理解了为什么这个现象会出现，希望给出他们自己的解释，尽管他们尚未做过权威的实验来证实他们的假设。）


二、 Senturia的提纲

作者们如何考虑安排和撰写这篇论文呢？我给出一个简单的提纲列在下面，同时给出一些更为深入的讨论：

★（几乎）没有任何事情是新的

★ 依赖与可信度指数

★谨慎使用投机性词汇

★不要学朗费罗

★不要把兔子从帽子里拿出来

★彻底挖掘所有的金矿

★记住：审稿人都是不善辞令的，作者（某种程度上）是偏执的

违背后面每一条提纲下面所解释的原则都会导致审稿人生气，一旦他们开始生气，他们就会拿出大斧，并有目的地挥舞砍去。我从来不相信一篇论文已经写到无法再提高的程度，也许一个正常的审稿人可能会认为作者已经基本完成了一个较高水平的研究工作，但是一个发怒的审稿人却比这个正常的审稿人更能够发现问题，不管是研究工作内容还是写作方法。如果这样使审稿人更加生气，显然是十分愚蠢的。每个作者的目标都是让审稿人的大斧一直放在鞘里。

地球人都知道现在天底下已经没有什么新东西了，除了那些比较有信心的人自以为他的工作还是独一无二的。也许偶尔还会有几个真正独特和令人惊异的结果发表以外，我们绝大多数人的工作都是建立在别人工作的基础上的。

每个作者都有责任和义务写清楚明确的上下文，以便读者通过序论和文献引用（是作者真正读过的，而不是从其它参考文献中简单拷贝过来的）能够知道你的新工作属于哪部分。如果作者不知道相关文献，他应该上网去查一查。我曾经告诉我的研究生，“首先决定你做什么，然后去图书馆找找！”他们也许找不到他们做的，但是可以找到所有相关的材料，仔细阅读这些材料来确定真正相关的子集，这些需要引用。

另外有一些原则需要遵循：

如果你有一个主题相近的论文已投给会议正在审稿或者已被杂志接收但尚未印刷，你有责任告诉编辑和审稿人并且提供该论文的复印件帮助审稿过程的进行。如果审稿人发现你有相关论文掩藏起来----也许这是使审稿人气愤的唯一最重要的原因。这是真正的气愤----审稿人会认为你在欺骗审稿过程，于是大斧来了。

如果一个文献与你的研究足够相关而使你引用它，那么它和你的结果也是相关的。许多作者在论文开始堆砌很多参考文献进行装饰，但是后面却从来不把自己声称的新结果与究者对结果进行证实和对比，如果论文的工作没有一点与前人的比较，审稿人会很恼火，于是他们会抽出大斧。

三、依靠可信度指数

科学进步的本质是结果的可信度，这些结果能够被不同的研究者重复和检验。如果这样定义的话，那么真正新的研究结果在被别人重复以前是没有经过科学验证的。这就引出了可信度指数的概念。

前面假定的论文在实验方法和理论模型都有些小改进，并出现了一些比较奇怪的结果，在编写这个论文的提纲的时候，作者应该仔细考虑提纲不同要素的可信度。显然，已经出版的文献结果（姑且不管它正确与否）是高度可信的。另外基本物理规律、已经建立的理论和模型，以及被广泛使用的实验方法等也都是高度可信的。所有这些具有很高的可信度指数。

与此相反，新东西的可信度指数是非常低的。如果一个结果还没有被其他人重复，那么它就不是已经“确定的”，因此不如已经被同行验证的结果可信，而作者关于新结果的猜测和想象则是最低的可信度。但是如果一个新实验结果在论文里有足够多的证明，审稿人可能会接受它，即使他们不同意作者对于新现象猜测性的解释。

所有这些导致了可信度指数原则，它能够自动确定论文内容的顺序。

按照可信度递减的顺序安排论文内容。

这种做法的优点不言而喻。如果一个论文是按照可信度递减的顺序安排的，所有的读者都会同意最开始论述的内容，因为它有最高可信度；但是到后面读者会犹豫是否接受一个新的实验结果（如果恰到好处地解释，就会接受）或者推测性的解释。一个好的论文永远不要在第一个中等或者低可信度内容出现以后再出现重要的、高可信度的内容。那些不同意作者观点的读者，也能够得益于能够在出现不同意见以前了解所有高可信度的材料，因此可以将不同意见集中在正确的问题上。

试样准备方法应该真实反应作者所做的工作，应当具备较高的可信度并且应该放在文章的开始部分。作者经常犯的一个错误是直到论文后面低可信度部分才给出新试样的制备等内容，让读者莫名其妙。这种写作方法会使论文看上去杂乱无章，非常难以阅读和理解，而难以阅读的论文当然会使审稿人非常恼火。

当你报告一个新的实验过程的时候，为了保持它的高可信度，你应该用例子说明你是如何从原始数据得到精炼数据，并最终得到分析结果的。同样，对于校准也需要做这样的说明（如果不是基于商用仪器的精度指标），包括样品数量、数据与误差带之间的关系（满量程吗？平均值的概率偏差等）。如果新方法能够给出一个大家都熟悉的例子所期望的结果，无疑这是可信度的基础。这有助于提高你新实验结果的可信度，大概也是撰写论文需要首先考虑的要点。

如果要报道一个新模型，你需要把模型建立在一个高可信度的起点，并在需要清楚地说明从哪儿开始是你采用尚未经过证明的假设而使得可信度开始变化的。

至于模型和实验谁在前面，这大概需要取决于爱好了。如果这两者都有新结果，那么需这种方法最令人高兴的结果是，作为作者，你被引导着在所有比较可信度的材料，如新的实验结果，已经展示完全后才开始假设和猜测。这有时会给作者带来不小的困难。现在的趋势是提出结果，给出评论和意见；然后再提出一些新的结果，再给出评论。在开始假设和猜测以前给出所有的高可信度材料。这样，审稿人会喜欢你。

四、谨慎使用投机性

读者可能会奇怪为什么我在这里对投机性词汇感兴趣。关于这方面的认识，我要感谢MIT 的Arthur Smith教授。我和他在70年代初期共同写过一篇论文，他提醒我尽量不要使用被他称为“投机性”词汇的一些词，如“obviously”， “probably”，“certainly”，“undoubtedly”等。这是因为从技术的角度看，如果你需要使用表示可能性的词汇，这说明你不能无法证明你的观点，而是在进行假设和猜测。因此：如果你发现自己愿意使用投机性词汇，它意味着你不知你在说什么，因此这些材料的可信度自然非常低。用明确表示你在进行假设的词汇来代替投机性的词汇，并将相关的评论和低可信度的假设放在论文合适的地方。


五、不要学朗费罗

在小说“路边酒店的故事”中，作者朗费罗借用坐在酒店炉火旁的旅客的嘴描写了一系列的故事。尽管朗费罗是一个极好的故事作者，我们在写作科技文献的时候不能采用他的方法。这种方法确实比较吸引人，讲个事实，再讲一段故事来解释一下事实；然后再讲另一个事实和解释它的故事，直到所有的事实讲完。（特别是化学研究人员比较喜欢使用这种方法）。这种方法错误的地方在于它与可信度降低原则相违背。因此，故事很好，但是那可能是虚构的；科学写作需要的是不是虚构，而是真实。要抵抗住现代朗费罗式的诱惑，把所有的高可信度内容都提出以后，再用类似“Discussio“Interpretation”之类的标题来表述你开始进行假设的部分。


六、不要把兔子从礼帽里拿出

我们都能回忆起孩童时代坐在学校拥挤的礼堂里，兴奋地看着前来表演的魔术师从他的礼帽里变出一只兔子的情形。有一些科技文献作者试图去模仿魔术师，但是他们的这种表演却很乏味。他们把一个验证性的实验藏起来，却引导读者进入歧途，然后这时，也只有这时，他们才拿出读者希望看到的能够证明作者观点的实验。这种方法有两个问题：一是显然与可信度递减原则相违背，他们（大概）在一些低可信度的解释后面才提出高可信度的材料；二是这会给推理过程带来很大的问题和缺点。审稿人顽强地寻找着缺点，却遇上了从礼帽里变出来的兔子。原则很简单：不要这样做。

七、彻底挖掘所有的金矿

想象一下你正走在一个荒凉的峡谷里面，拿着几铲看上去希望很大的泥土，把他们装进坛子里，然后在附近的一个小溪边冲洗它们。这时你突然发现了几块金子，你非常高兴，于是决定跑到最近的采矿办公室申请提出自己的所有权。于是，你对世界声明你的所有权，但是很令人费解地是再也没有回去挖掘那里的金子。

如果你这样做，每个人都会认为你是个傻子，但是事实上，很多科技文献作者恰恰没有回去挖掘他们的金子。获得好的数据要用去大量的时间和努力（同时还有大笔费劲心思得来的经费），这些数据就好比能产出几个金块的泥土。宣布所有权类似于发表论文－通过这个过程你告诉全世界这附近有金子。考虑到这些数据的成本，如果不努力找出所有的金子实际上一件非常傻的事情，至少，也要找出你已经挖掘的这些泥土里的所有金子。

很遗憾，在我的观点看来，很多作者过早地放弃了从数据中获得更多内容的机会。如果你能够证明你对所获得的数据说明什么或者不说明什么有深入的理解，尽管这可能对你挖掘到的金子能不能发表是不关键的，但是你在审稿人那里成功的机会就大大增加了。

例如，有的作者仅着眼于从能够进行测量的信号，但是却忽略了噪音谱可能会引起限制可检测能力的信息。另外有些作者未能发现掩藏在结果下面的相互关系，这些关系或许能够提供发现新的或者重要东西的线索。简而言之，要有耐心。试着从数据中挖掘所有并且有潜在的兴趣，审稿人会为你的勤奋和坦诚鼓掌。


八、记住：审稿人是不善言辞

我给出一个关于如何对待审稿人意见的方针，作为本文的结束。

当审稿人抱怨文章的某些内容时，这是一个非常好的机会来了解文章中的问题。不是所有审稿人的所有意见都是正确或者合适的批判，但是我敢说我遇到的批评中90％以上都在某种程度上是有价值和益处的。但是，审稿人是不善辞令的。审稿人经常非常恶劣地表达他们的想法，这使他们的意见看上去非常武断和随意，甚至反复无常。于是作者变得非常气愤和偏执。那么该怎么办？

作为作者，你有责任逐条回复审稿人的批判意见。你对此所持的态度对论文能否顺利发表有很大的影响。如果象有些作者一样，你试图威胁审稿人（或者编辑）不做建设性的反馈而投稿，审稿人（和编辑）都会用同样的方式对待你，把你放在一边。

我曾经见过很多例子，愤怒的作者有力地反驳审稿人的意见，但是最后他们的论文却没办法发表，因为他们没有把反驳中的精华用于修改他们宝贝一样的论文。自负妨碍采取建设性的反馈措施，而偏执则会削弱这些措施。

维护自己工作的科学性是一项需要从谦逊和尊重别人已经建立的知识的基础上来完成的任务。尽管这很困难，当你收到审稿人的意见的时候，压住自己的火气和反驳，试着想想为什么审稿人会在这一点上找麻烦？作为作者，如果你能够指出为什么审稿人会给出这个意见，你就能够同时发现提高论文和使审稿人满意的方法了。通常，一篇论文的失败不是刚好在审稿人提出问题之处，而是往往在其它的地方，如没有精心安排的主题和评论的次序，或者在文章其它什么地方省略了几个解释用的词等。阅读审稿人的信的时候需要抱着非常虚心的态度，这能使你缩短论文发表的时间。

当然，有些审稿人的意见非常明显的是错误的，如果你能够非常礼貌并且非常职业地处理相关的意见，编辑会比较容易同意你对审稿人的反驳意见。因此，我的建议是重新列出审稿人的每条意见和你对此意见的评论，以及你如何在论文中进行修改的。如果你对此做了足够好的工作和努力，编辑就有可能决定接收论文而不需要再把论文寄给审稿人重新进行审稿，这会节约几个星期的发表时间。另外，你因为注意审稿人不善辞令而建立起来的声誉，会使你的职业生涯受益匪浅。

同时，下次你会写出更好的论文。

 Stephen D. Senturia Massachusetts Institute of Technology Professor of Electrical Engineering Cambridge, MA 02139 USA Feb 22, 2003.

用电驴emule搜到一本好书

以前一直用emule下电影、英语资料什么的，没想到昨天用它搜到几本好书。

其中一本《Protein Structure Determination, Analysis, and Applications》非常好，2003年的书，书中介绍了结构基因组的研究方法、膜蛋白的结晶方法、蛋白质结构分析方法以及基于结构的药物设计，可惜当时做结构基因组的时候没有看到这本书，当然了，现在看看也还是非常好的。

一个非常棒的生物学实验视频网站

听说过JoVE吗？Journal of Visualized Experiments

这里不仅可以看到基本的生物学实验操作，比如细胞计数、PAGE电泳、蛋白胶染色、质粒转化，更多的是那些最新的实验技术，涉及神经生物学、细胞生物学、免疫学等。

网站的宗旨是以可视化的方式弥补传统纸质文献的不足，将生物学领域最新的实验方法传播给生物学研究者和大众。

网速快、画面清晰，看起来很舒服。学习的同时又练习听力，真的很棒！

地址：http://www.jove.com

很高兴我又回来了！

很久没有更新博客了，开始是有一阵子比较忙，后来是发现自己不能登录了！今天忽然发现网站的页面有变化，于是试着找回自己的密码，终于又可以登录了，而且在功能上又有所增强。

虽然现在很忙，但有时候还是有一些想法想写出来，和大家分享、讨论。毕竟写在BBS上很快就消失了，而在这里就可以分享给更多的人。

才发现AKTA有中文说明书

很久没去Amersham的论坛，今天去发现原来这里早就有了AKTA系统的中文说明书，比起英文版毕竟方便了很多，可以放在那里让大家多翻翻了，原来的的英文说明书除了我这个管系统的，似乎没有其他学生完整地翻过……

地址：http://www.ebiotrade.com/amershambbs/viewforum.php?f=14&sid=6304380018491173bb9aaedfd0cb85dc

贴一个Endnote X1版的下载地址

http://gfsmithlib1.umdnj.edu/endnotex/endnotex1.zip

预测未知蛋白的功能

通过Docking的方法预测结构已知而底物未知的酶的底物，这不是什么新方法，不过，在这里作者在做Docking时采用的是候选底物的高能中间态形式（ high-energy intermediate forms ），这也许就是文章可以发在《Nature》上面的原因。

按照序列比对预测的底物被实验否定。按照新方法预测的结果被实验证实，并且进一步得到“酶－产物”复合物结构。

Structure-based activity prediction for an enzyme of unknown
function pp775 - 779
A computational approach is used to predict the function of an
uncharacterized enzyme by docking high-energy intermediate forms of
candidate metabolites into its purported binding site. The docking
experiments predicted that the enzyme would be able to deaminate
intermediates of 5-methylthioadenosine and S-adenosylhomocysteine, a
prediction confirmed by biochemical experiments and examination of the
X-ray crystal structure of the protein.
Johannes C. Hermann et al.
doi:10.1038/nature05981
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7155/abs/nature05981.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7155/full/nature05981.html

文章已下载到“我的文件夹”

人类基因功能手册

挺不错，需要的时候可以查查。特别感谢作者的共享精神！

张闻. 人类基因功能手册. 免费电子版 2006
本书下载地址：http://zwbi.zoomshare.com/ （张闻的个人网站）

2007年最新公布SCI影响因子

2007年最新公布的SCI影响因子放在我的个人文件的“电子书”里了，大家赶紧下载去吧！

一个非常好用的数码照片编辑工具

用PS来编辑数码照片？相信对于大多数人来说，这还是一个难度很大的工作。能用它来剪裁剪裁、打上几个字、调调对比度、亮度，改变一下图像大小就不错了；再好一点的，会去掉脸上几个斑，抹去几根乱发而看不出来也就差不多了，再高级的，蒙板？图层？滤镜？用的好的就很少了。磨皮？LOMO风格？这些组合运用才能达到的效果就更别想了……

不过，呵呵，今天我发现了一款很好的软件，编辑数码照片非常方便，傻瓜式的操作，得到的确是专业摄影师的效果，今后用它把照片处理完再贴到网上，呵呵，大家一定对你刮目相看！（实在是很喜欢这个工具，忍不住写了一大段广告语，哈哈）

不说闲话了，这个软件名叫nEO iMAGING〖光影魔术手〗大家去http://www.neoimaging.cn/index1.htm看看介绍吧，另，绿色软件下载地址：http://green.crsky.com/default.html中搜索nEO iMAGING。

写好英语科技论文的诀窍

这是科大校友周耀旗的文章，非常棒，推荐给大家。文章下载地址见最后的链接，同时放在我的“个人文件”的“电子书”里了。

写好英语科技论文的诀窍：
主动迎合读者期望，预先回答专家可能质疑

周耀旗
印地安那大学信息学院
印地安那大学医学院计算生物学和生物信息中心

以此文献给母校中国科技大学五十周年校庆

前言
我的第一篇英语科技论文写作是把在科大的学士毕业论文翻译成英文。当我一九九零年从纽约州立大学博士毕业时，发表了20多篇英语论文。 但是，我对怎样写高质量科技论文的理解仍旧处于初级阶段，仅知道尽量减少语法错误。之所以如此，是因为大多数时间我都欣然接受我的博士指导老师Dr. George Stell和Dr. Harold Friedman的修改，而不知道为什么要那样改，也没有主动去问。这种情况一直持续到我去北卡州立大学做博士后。我的博士后指导老师Dr. Carol Hall建议我到邻近的杜克大学去参加一个为期两天的写作短训班。这堂由Gopen教授主办的短训班真使我茅塞顿开。第一次，我知道了读者在阅读中有他们的期望，要想写好科技论文，最有效的方法是要迎合他们的期望。这堂写作课帮我成功地完成了我的第一个博士后基金申请，有机会进入哈佛大学Dr. Martin Karplus组。在哈佛大学的五年期间，在Karplus教授的指导下，我认识到一篇好的论文需要从深度广度进行里里外外自我审查。目前，我自己当了教授，有了自己的科研组，也常常审稿。我觉得有必要让我的博士生和博士后学好写作。 我不认为我自己是写作专家。我的论文也常常因为这样或那样的原因被退稿。但是我认为和大家共享我对写作的理解和我写作的经验教训，也许大家会少走一些我走过的弯路。由于多年未用中文写作，请大家多多指正。来信请寄：
yqzhou@iupui.edu。 欢迎访问我的网站：http://sparks.informatics.iupui.edu。

论文下载：http://csbl.bmb.uga.edu/~ffzhou/how-to-write.pdf

再谈全基因合成

理论终于上升到实践，呵呵，用两步法PCR合成400bp的基因成功！

采用前面文献介绍的两步法思路，做了一些改动（简化），去除了回收和T7核酸内切酶I酶切步骤。

测序100％正确，真是让人开心！这个实验中的小插曲让我对PCR反应和Pfu酶又有了新的认识（这个暂时保密，呵呵）。

In-Fusion技术

只要PCR产物和载体的末端有15个相同的碱基就可以利用In-Fusion酶在30min内连接起来。

打算好好考虑一下它的应用，不仅仅是方便。

还是详细介绍一下：

如图所示，In－Fusion技术已经开发出2.0版试剂盒，只要PCR产物和线性载体的末端有15个相同的碱基，这时不需要纯化PCR产物，也不用双酶切，只要将两者混合，加入Cloning Enhancer试剂和In－Fusion酶，30分钟就可以连接成功。

2.0版的试剂盒的效率是老产品的5倍，可以连接<500bp直至12kb的片段。

以上译自Clontech的网站：http://www.clontech.com/products/detail.asp?tabno=2&product_id=162275

个人以为除了它连接速度快、简便以外，有以下优势：

1. 当目的片段中带有酶切位点时，无法用双酶切的方法克隆，用这个方法是最佳选择。

2. 不像TOPO方法需要引入一段多余的序列，这个方法产生的产物很干净。

3. 一些短片段PCR回收困难，这个方法也许更好（这点只是我猜想，不知道是不是如此）。